Комплектування фондових зібрань НІАЗ «Кам’янець» здійснюється більше 30-ти років, впродовж існування Заповідника. Склад музейних фондів визначається профілем діяльності НІАЗ «Кам’янець» і нараховує до 8 тис. од. зберігання основного фонду. Фонди Заповідника представлені групами – іконографічна, археологічна, фотоматеріали, документи. Архівний фонд Заповідника складає проектно-кошторисна документація на пам’ятки архітектури і нараховує 3,700 од. зберігання, бібліотечний фонд - більше 3 тис. примірників.

Вагому допомогу на початковому етапі комплектування фондів Заповідника надали краєзнавці та колекціонери Кам’янця-Подільського. Краєзнавцем Паравійчуком Андрієм Григоровичем були передані до фондів особистий архів, «Кам’янець-Подільський в минулому і сучасному. Хронологія історичних подій ХІ ст.- 1970р.р.», «Бібліографічний покажчик літератури і публікацій з історії Подільського краю (з давніх часів до 1964 р.)», рідкісні видання Й.А. Ролле. У колекціонера Рудського Володимира Петровича було придбано рідкісні видання Ю. Сіцинського, А. Крилова, В. К. Гульдмана, поштові листівки початку ХХ ст. Історико-архітектурну і археологічну карту Кам’янця-Подільського (Старе місто) передав до фондів Заповідника краєзнавець, дослідник С.К. Шкурко. Відомий музеєзнавець, колекціонер Тамара Андріївна Сис–Бистрицька, колекціонер Равський Йосип Антонович посприяли у поповненні іконографічних колекцій літографіями Наполеона Орди, поштовими листівками початку ХХ ст.

Науковцями Заповідника Ківільшою А.Б., Папевською С.О., Осетровою Г.О. у 1980-х-90-х р.р. була здійснена пошукова робота по архівах міста, області, Центральних державних архівах Москви, Санкт-Петербурга, Києва, що дало змогу поповнити іконографічні матеріали Заповідника фотокопіями цінних креслеників ХУІІІ-ХІХ ст.ст., архівними документами на житлову забудову міста, планами втрачених будинків, культових та фортифікаційних споруд, тощо. За фотоматеріалами з фондів можна простежити реставраційну та пам’ятко-охоронну діяльність Заповідника.

Родзинкою фондів Заповідника стала колекція літографій Наполеона Орди, мистецька спадщина якого збагатила вітчизняну історико-архітектурну науку важливими іконографічними джерелами другої половини ХІХ ст. Подорожуючи Правобережною Україною, Н. Орда зафіксував маєтки, палаци, культові та оборонні споруди, садово-паркові комплекси, що стали цінним іконографічними джерелами у пам’ятко-охоронній та реставраційній діяльності. Вивчаючи творчий доробок Н.Орди та опрацьовуючи фонди Заповідника, кандидатом архітектури І.В.Березіною була видана монографія «Архітектурна спадщина України у творчості Наполеона Орди: іконографія та принципи використання». Виставка з творчості Наполеона Орди з фондів Заповідника неодноразово експонувалась у НЗ «Замки Тернопілля», Хмельницькому обласному управлінні архітектури та містобудування.

У 1978 році до фондів Заповідника свої роботи передав Сергій Васильович Кукуруза - альбоми ліногравюр «Кам’янець-Подільський», «Пам’ятники вірменської архітектури в Кам’янці-Подільському». С. В. Кукуруза - український, російський, казахський художник, член спілки художників СРСР, твори якого зберігаються в музеях Києва, Чернівців, Кам’янця-Подільського, Львова, Вінниці, Алма-Ати, Москви, Санкт-Петербурга. В період з 1972 по 1979 роки художник жив і працював у місті Кам’янці-Подільському і за цей час створив 374 гравюри у 23 тематичних серіях. Роботи С. К. Кукурузи стали цінним іконографічним джерелом з фіксації пам’яток архітектури Кам’янця-Подільського наприкінці 1970-х років.

У 1980-х роках, завдяки збиральницьким роботам наукового співробітника Задорожнюка А.Б., бібліотекаря А.Б.Тихоліз, фонди Заповідника поповнились поштовими листівками початку ХХ ст. Дана колекція - цінна джерелознавча база з вивчення втрачених будівель і споруд дореволюційного Кам’янця, містобудівної структури, де зафіксовані зруйновані у 30-х роках ХХ ст. храми міста.

1982-83 р.р. до фондів Заповідника Кам’янець-Подільським інвентар-бюро були передані інвентарні справи початку ХХ ст. на домоволодіння по Старому та Новому місту. Данні справи охоплюють складний історичний відрізок часу з історії України – початку 1920-их – кінець 1940-х р.р. - період становлення радянської влади, націоналізації, німецько-фашистської окупації. В цей час було втрачено більшість культових споруд та житлової забудови міста. Тому ці матеріали стали цінним джерелом для вивчення історико-архітектурного минулого міста першої половини ХХ ст., які використовуються у розробці проектної документації для відбудови втраченої історичної забудови.

Археологічна колекція НІАЗ «Кам’янець» сформувалася за матеріалами археологічних розкопок, архітектурно-археологічного нагляду за земляними роботами на території Старого міста.

Археологічні розвідки та стаціонарні розкопки на території Старого міста розпочалися з кінця 1950-х р.р. У 1950-х-80-х р.р. їх проводили доктор історичних наук, професор І. С. Вінокур, краєзнавець С. К. Шкурко, дослідник і архітектор Є. Пламеницька. Наприкінці 1980-х початку 90-х р.р. на території міста працювала археологічна експедиція Кам’янець-Подільського педагогічного інституту у складі викладачів Петрова М. Б., Мігея В.П., наукового працівника Заповідника А. Б. Задорожнюка. На основі вивчення великого масиву історичних та археологічних джерел, професор Микола Борисович Петров дослідив історичну топографію Кам’янця-Подільського ХІІ-ХУІІІ ст. Спільним проектом України, США, Канади на початку 1990-х р.р. стало створення Кам’янець-Подільської Фундації, покликанням якої було збереження, реставрація та відтворення культурної спадщини міста. Протягом 1991-1996-х роках К-П Фундація проводила польові дослідження на території Старого міста. З 2000-2009 р.р. археологічні розкопки в місті здійснювали ст. науковий співробітник ІА НАН України Л. І. Віногородська; науковець, архітектор О. Пламеницька; дослідник О.Гурський; археолог історичного музею-заповідника П. Болтанюк тощо. Досліджувались ділянки Старого міста – Стара фортеця, Троїцька церква, руїни Вірменського Миколаївського храму, комплексу Домініканського монастиря, фундаментів Іоанно-Предтечинської церкви, Міська брама, ділянки на вулицях Татарська, П’ятницька, Довга, Польський ринок, Західний бульвар тощо.

Найбільш цікавими археологічними матеріалами з фондів Заповідника є знахідки з досліджень фундаментів Іоанно-Предтечинської церкви – хрест-енколпіон, 12-13 ст.ст.; нагрудні ікони, 16-17 ст.ст. – з досліджень ділянки Троїцької церкви; бронзові медальйони, чотки, горщики – з Вірменського Миколаївського храму. У фондах Заповідника представлені кахлі ХУІІ-ХУІІІ ст.ст. - керамічні, декоровані, полив’яні та неполив’яні, з рослинними та геометричними орнаментами, антропоморфними та зооморфними зображеннями з кольоровими поливами. Такими декорованими кахлями прикрашали печі і каміни в будинках заможних міщан міста.

На території Заповідника знаходять декоровані деталі зовнішнього та внутрішнього оздоблення, архітектурні обломи будинків, палаців, храмів міста, які поповнюють фонди Заповідника. Останніми надходженнями до фондів Заповідника стали матеріали з пошуково-польових робіт 2009 року, що проводила ГО «Меморіал» по вул. Довгій, 15а. Археологічні матеріали представлені керамічними та скляними виробами, ймовірно другої половини ХУІІ ст. – тарілки, миски, горщики, пательні-латки, фрагменти керамічного і скляного посуду, кахлі, які потребують подальшого дослідження.

Комплектацією фондів Заповідника археологічними матеріалами здійснювали кандидат історичних наук А.Б. Задорожнюк, мол. науковий співробітник Заповідника О.В.Мороз, член ГО «Меморіал» Р.В. Нагнибіда.

За фондовими зібраннями НІАЗ «Кам’янець» були розроблені Історико - архітектурний опорний план Заповідника, Програма регенерації втраченої історичної забудови Старого міста, Перспективна програма консервації і реставрації по комплексу Старого й Нового замків тощо. Фондові матеріали Заповідника у своїх працях використовували відомі дослідники і науковці – Є. Пламеницька, О. Пламеницька, М. Петров, І. Рибак, А. Задорожнюк, С. Трубчанінов, І. Данілов, Н. Урсу, І. Березіна та інші. Фондові матеріали допомагають у популяризації історико-архітектурної спадщини міста, використовуються для розвитку освіти, науки, культури. Фондові збірки опрацьовують науковці, студенти, краєзнавці, що становить вагому допомогу у виданні каталогів, збірок, наукових праць, окремих монографій, статей. Заповідник постійно співпрацює у культурно-освітній сфері з вищими учбовими закладами Кам’янця-Подільського, Харкова, Львова, Чернівців, Києва, Кракова тощо. Науковці Заповідника опрацьовують фондові зібрання для науково-дослідної, культурно-освітньої, виставково-експозиційної діяльності.

Зав. Сектором науково-фондової та екскурсійної діяльності НІАЗ «Кам’янець» О.Вільчинська